Phùng Thái hoàng thái hậu còn được coi là có tính tiết kiệm, không xa hoa và thường không dùng những trang sức quý giá để tránh lãng phí. Sách Ngụy thư chép lại việc có lần Thái hoàng thấy không khỏe trong người, có người đến coi bệnh cho bà rồi bất thần rút dao ra định sát hại. Hiếu Văn Đế biết chuyện, định trừng phạt, nhưng Phùng Thái hoàng chỉ cười và cho qua.

Hiếu Văn Đế đối với Phùng Thái hoàng nhìn chung thường tỏ ra rất tôn kính, nên việc triều chính ít tham gia, để cho Thái hoàng thái hậu một mình quyết định. Nhân đó, Thái hoàng có ý coi thường Hoàng đế, mỗi lần đưa ra quyết định gì cũng không cần xem thái độ của ông. Thời gian trôi qua, Hiếu Văn Đế trưởng thành hơn, ông từng bước nắm giữ được nhiều quyền lực hơn. Một khoảng thời gian nào đó trong quá trình chuyển giao này, Phùng Thái hoàng đã trở nên lo sợ về khả năng của ông và do đó đã giam giữ Hiếu Văn Đế và tính đến việc phế truất ông rồi đưa hoàng đệ là Thác Bạt Hi (拓拔禧) lên thay, song sau khi được các thân cận thuyết phục, Thái hoàng thái hậu không thực hiện việc này. Mặc dù Phùng Thái hoàng chưa từng chính thức trao trả lại quyền lực cho ông, song đến khoảng năm Thái Hòa thứ 7 (483) thì ông đã hoàn toàn thật sự kiểm soát triều chính, dù Thái hoàng thái hậu vẫn tiếp tục giữ lại quyền lực đáng kể. Cũng trong năm đó, Lâm Quý nhân hạ sinh người con trai trưởng cho Hiếu Văn Đế là hoàng tử Thác Bạt Tuân, Thái hoàng thái hậu ép quý nhân phải tự sát theo đúng quy chế "Tử quý mẫu tử" trong triều đình Bắc Ngụy, mặc dù Hiếu Văn Đế lại không nỡ thực hiện việc này[21]. Bản thân Phùng Thái hoàng đích thân nuôi dưỡng Thác Bạt Tuân[22]. Để củng cố mối quan hệ của Hiếu Văn Đế với nhà họ Phùng, Phùng Thái hoàng đưa hai người cháu gái của mình, tức con gái của anh trai bà Phùng Hi, vào cung làm phi. Một người là Hoàng hậu sau bị phế truất, người còn lại cũng trở thành Hoàng hậu kế tiếp, tức U Hoàng hậu.

Năm Thái Hòa thứ 10 (486), có lẽ là một dấu hiệu của quá trình Hán hóa và để biểu dương quyền lực, Hiếu Văn Đế bắt đầu mặc Hán phục dành cho hoàng đế, bao gồm một long bào. Phùng Thái hoàng thường cùng Hiếu Văn Đế đến Thường Trì cung, mở tiệc thết đãi cho sứ giả các nước. Hiếu Văn Đế suất quần thần đến chúc thọ bà, Thái hoàng đứng lên hát một bài, vua và các quan cùng hát theo, tổng cộng 90 cùng hòa ca.

Việc chia sẻ quyền lực giữa Thái hoàng thái hậu và Hoàng đế có thể thấy được trong một sự cố vào năm 489, tức niên Thái Hòa thứ 13. Khi đó, các hoàng đệ của Văn Thành Đế là Nhữ Âm Linh vương Thác Bạt Thiên Tứ (拓拔天賜) và Nam An Huệ vương Thác Bạt Trinh (拓拔楨) bị cáo buộc phạm tội tham nhũng, một tội sẽ bị xử tử. Phùng Thái hoàng và Hiếu Văn Đế cùng triệu tập một hội nghị để thảo luận về sự trừng phạt dành cho họ. Thái hoàng mở đầu với câu hỏi dành cho các đại thần:"Các ngươi có cho rằng chúng ta nên chú ý đến các mối quan hệ gia đình và phá tan luật pháp, hay bỏ các qua mối quan hệ gia đình và làm theo luật pháp?". Các đại thần phần lớn đều xin tha mạng cho hai vị Thân vương. Sau khi Phùng Thái hoàng im lặng, Hiếu Văn Đế nói rằng:"Những gì hai vị thân vương phạm phải là không thể tha thứ, song Thái hoàng thái hậu xét theo tình huynh đệ của Cao Tông (tức Văn Thành Đế). Hơn nữa, Nam An vương là người con hiếu thảo với mẫu thân của mình. Do đó, hai người sẽ được tha tội chết, song họ sẽ bị tước bỏ quan tước, bị giáng xuống làm thường dân"[23].

Năm Thái Hòa thứ 14 (490), tháng 9, ngày Quý Sửu, Thái hoàng thái hậu Phùng thị qua đời ở Thái Hòa điện, hưởng thọ 49 tuổi, thụy hiệu là Văn Minh Hoàng hậu (文明皇后), thường thêm hai chữ ["Văn Thành"] vào, nên có gọi là Văn Thành Văn Minh Hoàng hậu. Tháng 11 cùng năm, ngày Quý Dậu, bà được an táng ở Vĩnh Cố lăng (永固陵)[24]. Hiếu Văn Đế nghe tin vô cùng thương tiếc, tự mình nhịn ăn 5 ngày và giành ba năm để tang bà, bất chấp thỉnh cầu của các đại thần rằng ông nên rút ngắn thời gian để tang để phù hợp với các quy tắc mà Hán Văn Đế đặt ra khi xưa.